Những năm cuối thời Tấn Hiếu Vũ Đế và đầu thời Tấn An Đế, Tư Mã Đạo Tử được giao trọng trách điều hành triều chính và nắm được quyền lực trong triều đình. Tuy nhiên do Đạo Tử tin dùng gian thần Vương Quốc Bảo nên dẫn đến việc bị các quan lại địa phương bất bình, trong đó có Vương Cung, thứ sử hai châu Thanh, Duyện. Năm 397, Vương Cung khởi binh tiến đánh Kiến Khang, ép buộc Tư Mã Đạo Tử phải giết chết Vương Quốc Bảo[3]. Lúc bấy giờ Tư Mã Nguyên Hiển được 16 tuổi, được phong chức Thị trung. Ông lo sợ thế lực của Vương Cung lấn át triều đình nên thường khuyên Tư Mã Đạo Tử cất quân thảo phạt. Tư Mã Đạo Tử cũng rất tin tưởng về con trai, nên phong cho ông lên chức Chinh Lỗ tướng quân, giao cho nhiệm vụ canh giữ kinh thành.

Năm 398, Vương Cung một lần nữa xuất quân nhằm tiêu diệt thế lực của Tiều vương Tư Mã Thượng Chi chống đối mình. Lần này ông ta liên kết cùng Thứ sử Kinh châu Ân Trọng Kham, Thứ sử Quảng châu Hoàn Huyền và Thứ sử Dự châu Dữu Giai, tạo nên thanh thế lớn. Tư Mã Nguyên Hiển và Tư Mã Thượng Chi và Tạ Diễm được giao nhiệm vụ dẫn quân chống trả. Ông được bái làm Chinh thảo đô đốc, Giả tiết, đưa quân ra giao chiến cùng Tư Mã Thượng Chi. Trong trận ra quân, Tư Mã Thượng Chi đánh thắng được quân của Dữu Giai, buộc Giai phải bỏ chạy, theo về với Hoàn Huyền. Tư Mã Nguyên Hiển sau đó cùng Vương Khải, Hoàn Phóng Chi và Ôn Tường tiến đánh Thạch Đầu thành, đối phó với Hoàn Huyền, đồng thời phái Vương Nhã và Tạ Diễm đưa quân lên phía bắc để phòng bị từ xa.

Tuy nhiên cũng vào lúc đó, Tư Mã Nguyên Hiển biết được việc thủ hạ của Vương Cung là Lưu Lao Chi đang giữ chức Bắc phủ tướng quân xảy ra hiềm khích với Cung, bèn sai thái thú Lư Giang là Cao Tố khuyên Lưu Lao Chi bỏ Vương Cung, đầu hàng triều đình, hứa sau khi diệt được Vương Cung sẽ cho Lao Chi tiếp nhận chức vị đó. Lưu Lao Chi bằng lòng, dẫn quân theo về với triều đình rồi sau đó tiến đánh Vương Cung và bắt sống được ông ta. Cuối cùng Vương Cung bị xử tử[4].

Nghe tin Vương Cung đã chết, Ân Trọng Kham rút quân về Tầm Dương, không chịu nhận lệnh triều đình. Tư Mã Nguyên Hiển được lệnh rút quân về cung phòng vệ, sau đó gia phong cho ông lên làm Tán kị thường thị, Trung thư lệnh, lãnh Trung lĩnh quân, Trì tiết. Cùng năm đó Ân Trọng Kham và Hoàn Huyền lại quy phục. Cuộc nổi loạn chấm dứt.